
Custom NPCs MODの新しい仕様だとバージョン1.8の時に使った下に32px追加しただけのスキンだとうまく表示されないようです。以前は腕と足のテクスチャを左右で共有できたけど、新しいバージョンでは別に用意しなきゃいけないみたいです。
<旧仕様のスキンをCustom NPCs MODで使えるようにする方法>

1.透過PNGで保存できる画像ソフトもしくはSkin Editor等のツールで、旧仕様のスキンに下に32px追加(バージョン1.8までならここまででOK)

2.右のパーツ配置を参考に、腕と脚のテクスチャをコピー&ペースト

3.色分けしたパーツをそれぞれ左右反転

4.上画像のようになれば完成です。透過PNGで保存してください


参考用に実寸サイズのスキンとパーツ分けを置いておきます
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<画像編集ソフトをお持ちでない場合こちらをご利用ください>
・プレビューを見ながらスキン作成できるので分かりやすい専用ソフト
→Skin Editor
・インストール不要で、オンライン上で利用でる画像編集ソフト
→http://pixlr.com/editor/
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<ゲーム上で目の色が変わってしまうのを戻す方法>
作成したキャラをゲームで呼び出すと目の色がテクスチャとは変わっている場合があります。 その場合はNPCの杖のDisplayタブで戻せます。

まずDisplayタブのEditボタンを押します。

左のPartsからEyesを選び、Typeの部分をnoneに変更するとテクスチャの色に戻せます。
ただ、noneにせずcolor以降のパラメーターで調整すれば色だけでなく瞬きやハイライトの有無、ジト目化など よりキャラクターにバリエーションが与えられるので個人的にはこっちがオススメですね。